Skyrimのインストール先
SkyrimにModを導入する際には，Skyrimのインストール先をProgram Files以外の場所に指定した方がよい．これは予期しない問題が発生した場合に備え，システムフォルダであるProgram Filesを避け，被害を小さくするための対処である．Mod Orgnizer 2からも次の警告が表示されるようになっている．
the game is in program files; this may cause issues because it’s a special system folder
Skyrimのバージョン
SkyrimにModを導入する際には，プレイしているSkyrimのバージョンを考慮する必要がある．2025年現在，SteamのSkyrim Special Editionのバージョンは1.6.1170である．バージョン1.6.1170については，ツールやModのダウンロードページなどで，Anniversary Editionを意味する「AE」という表記がなされている．しかし，これはAnniversary Editionのバージョンであるということでないため，注意が必要である．あくまで「AE」と同時にリリースされたものという意味で，Special Editionの方のゲームプログラムも更新されている．